Après des années passées à l'abri du monde humain, les frères Turtle ont entrepris de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvel ami, April O'Neil, les aide à affronter un mystérieux syndicat du crime, mais ils se retrouvent rapidement au-dessus de leurs têtes lorsqu'une armée de mutants se déchaîne sur eux.