Désormais titulaire d’un passeport britannique, Paddington mène une vie heureuse avec la famille Brown à Londres. Un jour, il reçoit une lettre provenant d’une maison pour retraités au Pérou qui l’informe que sa tante Lucy s’ennuie de lui et qu’elle se comporte étrangement. Paddington et les Brown décident alors de se rendre sur place pour la visiter, mais à leur arrivée, la révérende mère leur annonce que Lucy a disparu dans la jungle.