7 ans après la destruction d'Isla Nublar, les dinosaures commencent à disparaître de la surface de la Terre, à cause d'une flore et d'une faune inadaptées. Une experte nommée Zora Bennett est engagée pour mener une mission secrète. Son équipe doit récupérer l'ADN de 3 dinosaures dans une zone où ils ont trouvé refuge loin des climats changeants et des humains. Zora et son équipe vont croiser Reuben Delgado, un père accompagné de ses enfants et dont le bateau a chaviré. Tous vont se retrouver sur une des 5 îles renfermant un secret non divulgué à l’humanité jusqu’à aujourd’hui.